Stereomikroskoopit haaraantuvat muista valomikroskooppeista "3D" -esineiden katseluun. Näihin kuuluvat merkittävät näytteet, kuten hyönteiset, höyhenet, lehdet, kivet, hiekanjyvät, jalokivet, kolikot ja leimat jne. Toiminnallisesti stereomikroskooppi on kuin voimakas suurennuslasi. Toisin kuin yhdistelmämikroskoopi, joka tarjoaa tasaisen kuvan, stereomikroskoopit antavat katsojalle kolmiulotteisen kuvan, jonka voit nähdä suuremman näytteen tekstuurin.