Stereomikroskoot ovat eriytyneet muista valomikroskoopeista "3D"-esineiden tarkastelua varten. Näihin kuuluvat suuremmat näytteet, kuten hyönteiset, höyhenet, lehdet, kivet, hiekanjyvät, jalokivet, kolikot ja postimerkit jne. Toiminnallisesti stereomikroskooppi on kuin tehokas suurennuslasi. Toisin kuin yhdistelmämikroskooppi, joka tarjoaa litteän kuvan, stereomikroskoot antavat katsojalle kolmiulotteisen kuvan, jossa voit nähdä suuremman näytteen tekstuurin.